Limites
Fondamental : Schémas et langages XML
JSON ne dispose pas du système de schémas de XML, utilisés afin de valider des fichiers XML devant respecter une certaine structure. Cela complexifie la validation de fichiers JSON massifs qui pourraient éventuellement contenir des erreurs (nom d'un attribut mal orthographié, attribut manquant mais nécessaire, etc...).
Par ailleurs, il existe bien moins de langages JSON que de langages XML (SVG, ODT...). On peut supposer que cela est en partie du à l'absence d'un système de schémas.
Fondamental : Rédaction de documents
Les langages à balises tels que XML sont particulièrement adaptés à la rédaction de documents, notamment afin de gérer efficacement la récursivité des balises.
JSON n'est pas adapté à une telle utilisation, mais bien plus à la représentation de données.
Fondamental : Système de traitement
JSON ne dispose pas d'un système de traitement équivalent à XSLT, pour transformer des données et les exporter sous différents formats.